Lieksan seurakunta ei ole herännyt vastuulliseen metsänkäsittelyyn aivan vastoittain, vaan suojelualueita on perustettu etupainotteisesti. Ensimmäinen suojelualue on perustettu vuonna 1994. Metsien käsittelyä ohjaavat metsäsuunnitelman sekä hautausmaanhoitosuunnitelman periaatteet sekä aluerajaukset.

Alla olevaan taulukkoon on kerätty seurakunnan suojelualueiden kehittymisestä kootusti tietoja. Mainittujen lisäksi on käytössä pehmeämpiä metsänkäsittelymenetelmiä esim. hautausmaiden metsissä. 

Tiukkojen suojelualueiden lisäksi monimuotoisuutta edistäviä toimenpiteitä voi tehdä jokapäiväisessä metsänkäsittelyssä.

Seurakunnan metsistä ei ole ulosmitattu tehokkaimmalla tavalla metsän kasvupotentiaalia taloudellisella tavalla, vaan käytössä on ollut pitkään kiertoaikaan pyrkivä metsänkäsittelytapa. Tämä käsittely mahdollistaa vanhan metsän ominaispiirteiden syntymisen myös talousmetsänä hoidettaviin metsiin.  Metsälaki ei nykyisin enää rajoita metsänuudistamista, vaan maanomistaja päättää omista lähtökohdistaan, milloin uudistaminen tehdään. Tämä voi johtaa uudistamishakkuisiin aiempaa nuoremmissa metsissä, jolloin monimuotoisuutta lisäävää lahopuuta ei pääse syntymään riittävästi.

Seurakunnan ympäristöohjelmaan on merkitty luonnonhoidollisen kulotuksen tekeminen vähintään kerran ympäristöohjelman aikana. Metsäpalojen määrät on nykyisissä talousmetsissä saatu rajattua murto-osaan - tai jopa marginaaliin - siitä, mitä luonnonmetsissä tapahtuu. Metsäpalojen väheneminen edesauttaa metsien taloudellista hyödyntämistä, mutta samalla monet palolajit ovat harvinaistuneet. Kulotusten avulla voidaan edesauttaa palolajien elinkelpoisuutta. Kulotuksia on tehty Itäisellä sertifikaattialueella edelleen melko niukasti, joten pienelläkin määrällä kulotuksia on mahdollista parantaa monimuotoisuutta paljon.

Seurakunta on ainakin toistaiseksi pidättäytynyt kunnostusojitusten suorittamisesta, eikä niitä ole enää tehty 2020-luvulla. Maanmuokkausten osalta pienempiä alueita ei olla viime vuosina muokattu lainkaan ja niillä alueilla, joissa muokkaus on tehty, on pyritty tekemään työ vähiten maanpintaa rikkovalla tavalla. Kunnostusojitukset ovat nostaneet puunkasvua, mutta niiden seurannaisvaikutuksena vesistöjen tila on huonontunut ja myös monimuotoisuus on heikentynyt. Maanmuokkauksilla voi olla myös vesistön tilaa heikentäviä vaikutuksia, mutta myös virkistyskäyttö hankaloituu.

Seurakunta on sitoutunut pefc-metsäsertifikaattijärjestelmän vaatimuksiin, joka myös osaltaan vaikuttaa seurakunnan metsänkäsittelyyn myös monimuotoisuuden huomioiden.